Возмещение НДС возможно и за пределами установленного п. 2 ст. 173 НК РФ трехлетнего срока, если реализации права налогоплательщика в течение этого срока препятствовали объективные и уважительные причины.
Данный вывод содержится в Определении Конституционного Суда РФ от 27.10.2015 N 2428-О "Об отказе в принятии к рассмотрению жалобы муниципального унитарного предприятия жилищно-коммунального хозяйства муниципального образования "Город Вологда" "Вологдагорводоканал" на нарушение конституционных прав и свобод пунктом 1 статьи 172 и пунктом 2 статьи 173 Налогового кодекса Российской Федерации"
Арбитражные суды отказали налогоплательщику в праве на возмещение НДС исходя из того, что налогоплательщиком пропущен трехлетний срок на подачу налоговой декларации, в которой заявлено право на такой вычет, т.к. суд посчитал, что указанный срок подлежит исчислению начиная с налогового периода, в котором выставлены необходимые для заявления вычета документы контрагентами налогоплательщика (счета-фактуры), а не с периода, в котором налогоплательщик такие документы от контрагентов фактически получил.
Конституционный Суд РФ в указанном Определении также отметил, что возмещение НДС возможно, в том числе за пределами установленного п. 2 ст. 173 НК РФ срока, если реализации права налогоплательщика в течение этого срока препятствовали обстоятельства, связанные, в частности, с невыполнением налоговым органом возложенных на него обязанностей или с невозможностью получить возмещение, несмотря на своевременно предпринятые к тому действия со стороны налогоплательщика (определения от 3 июля 2008 года N 630-О-П, от 1 октября 2008 года N 675-О-П, от 24 марта 2015 года N 540-О и др.).
Таким образом, разрешение вопроса о правомерности предоставления налогоплательщику права на применение налогового вычета по НДС с учетом предусмотренного законодателем срока на его реализацию осуществляется правоприменительными органами исходя из фактических обстоятельств конкретного дела, позволяющих установить соответствующий налоговый период, с которым связано начало течения указанного срока, а также обстоятельств, препятствовавших его соблюдению.