Если счет-фактуру выставило лицо, освобожденное от НДС, то такое лицо должно уплатить НДС в бюджет (п. 5 Постановления Пленума ВАС РФ от 30.05.2014 N 33)

В подпункте 1 пункта 5 статьи 173 НК РФ предусмотрена обязанность лиц, не являющихся плательщиками налога, а также лиц, освобожденных от исполнения обязанностей плательщиков налога, в случае выставления ими покупателю счета-фактуры с выделением суммы налога перечислить соответствующую сумму в бюджет.

Однако возникновение в данном случае обязанности по перечислению в бюджет налога не означает, что выставившее счет-фактуру лицо приобретает в отношении таких операций статус налогоплательщика, в том числе право на применение налоговых вычетов.

На указанное лицо возлагается лишь обязанность перечислить в бюджет налог, размер которого в силу прямого указания пункта 5 статьи 173 Кодекса определяется исходя из суммы, отраженной в соответствующем счете-фактуре, выставленном покупателю. Возможность уменьшения этой суммы на налоговые вычеты приведенной нормой либо иными положениями главы 21 Кодекса не предусмотрена.

Дополнительно

Постановление Пленума ВАС РФ от 30.05.2014 N 33 "О некоторых вопросах, возникающих у арбитражных судов при рассмотрении дел, связанных с взиманием налога на добавленную стоимость"

Налог на добавленную стоимость (НДС) - косвенный налог, который установлен главой 21 «Налог на добавленную стоимость» Налогового кодекса России. НДС является федеральным налогом.