Если счет-фактуру выставили по товару, освобожденному от НДС, то продавец обязан уплатить НДС в бюджет (п. 6 Постановления Пленума ВАС РФ от 30.05.2014 N 33)

В силу подпункта 2 пункта 5 статьи 173 НК РФ налог также подлежит уплате в бюджет в случае, если при реализации налогоплательщиком товаров (работ, услуг), операции по реализации которых не подлежат налогообложению, покупателю был выставлен счет-фактура с выделением суммы налога.

При применении этой нормы во взаимосвязи с другими положениями главы 21 Кодекса необходимо учитывать, что при таких обстоятельствах обязанность уплатить налог возлагается на лицо, являющееся налогоплательщиком, в связи с чем это лицо вправе применить и налоговые вычеты по товарам (работам, услугам), имущественным правам, приобретенным для осуществления указанных операций. Одновременно налогоплательщик обязан внести соответствующие коррективы в расчет налога на прибыль организаций (налога на доходы физических лиц), если сумма налога, предъявляемая к вычету, ранее была учтена им при исчислении названных налогов как часть стоимости приобретенных товаров (работ, услуг), имущественных прав.

Дополнительно

Постановление Пленума ВАС РФ от 30.05.2014 N 33 "О некоторых вопросах, возникающих у арбитражных судов при рассмотрении дел, связанных с взиманием налога на добавленную стоимость"

Налог на добавленную стоимость (НДС) - косвенный налог, который установлен главой 21 «Налог на добавленную стоимость» Налогового кодекса России. НДС является федеральным налогом.